혁신 신약개발을 위해 설립한 자회사들이 제몫을 톡톡히 하고 있다. 국내 중대형 제약사들이 기존 사업을 유지하는 가운데 자체 신약 확보로 수익성을 개선하고 연구개발 사업을 확보하는 통로로서 전문 자회사들의 역할이 커지고 있다.

12일 국내 제약·바이오 업계에 따르면, 한국콜마 제약사업 자회사 HK이노엔은 역대 최대 실적을 내며 연간 매출 1조원대, 영업이익1000억원대에 진입했다.

HK이노엔의 2025년 매출은 전년 대비 19% 증가해 1조632억원이다. 같은 기간 영업이익은 전년 대비 16% 늘어 1109억원이다. 이번 호실적은 국산 신약 케이캡, 주력 품목 수액제, 코프로모션 항암제 등 전문의약품 사업 전반에서의 판매 호조 성과다.

특히 '케이캡'은 HK이노엔의 전문의약품 사업 전반을 견인해 해당 비중은 20%에 달한다. 위식도역류질환 치료제로 지난해 국내 소화성궤양용제 시장에서 2179억원 규모의 처방 실적을 올렸고, 앞서 2023년 1582억원, 2024년 1969억원 등으로 매년 성장세를 기록해 왔다.

케이캡은 해외에서도 완제품 수출로 수익을 창출하고 있다. 지난해 기준 19개 국가로 수출국을 늘렸고 수출 매출은 2024년 81억원에서 2025년 127억원으로 늘었다. 아울러 HK이노엔은 지난달 미국 식품의약국(FDA)에 케이캡 신약허가신청서(NDA)를 제출해 케이캡은 오는 2027년 미국 발매를 목표로 하고 있다.

이와 함께 HK이노엔은 지난해 말 케이캡 일본 사업권 확보와 일본 제약회사 라퀄리아 지분 인수로 연구개발(R&D) 기반을 강화한 상황이다. 라퀄리아는 현재 소화기 질환, 통증, 항암 분야를 포함한 18개의 신약 파이프라인을 갖춘 것으로 알려졌다.

HK이노엔 측은 "양사 연구개발 역량을 바탕으로 후속 혁신신약 공동 연구를 진행하는 등 협력해 나갈 계획"이라고 덧붙였다.

제일약품의 연구개발 자회사 온코닉테라퓨틱스도 고성장 구조를 고도화하고 있다.

온코닉테라퓨틱스는 2025년 실적으로 매출 534억원과 영업이익 126억원을 기록했다. 매출은 전년 대비 260% 급증했고 영업이익은 전년 영업손실 48억원에서 흑자전환했다.

이러한 실적 성장에는 자체 개발한 위식도역류질환 치료제 '자큐보'의 판매 매출과 기술이전 마일스톤 수익이 주효했다.

무엇보다 온코닉테라퓨틱스는 자큐보 매출을 캐시카우로 R&D 재투자 구조를 확립한다는 방침이다. 올해는 자큐보 구강붕해정(ODT) 제형이 발매되고 적응증에는 위궤양 적응증이 추가되면서 자큐보 수익성은 지속 커질 것으로 기대하고 있다.

글로벌 시장에서는 현재 중국 자큐보 임상3상을 완료해 품목허가 절차를 추진 중이다. 계약 조건에 따른 단계별 마일스톤 수익 또한 순차적으로 인식된다.

온코닉테라퓨티스 측은 "자큐보는 올해 국내 매출만 연간 1000억원 이상으로 성장할 것으로 전망된다"며 "이를 기반으로 후속 항암제인 네수파립 임상개발에서 성과를 내기 위해 집중하고 있다"고 밝혔다.

일동제약도 연구개발 구조 재편으로 수익성 개선을 이뤄냈다.

일동제약은 2025년 연결기준 매출은 5669억원으로 전년 대비 8% 감소했다. 다만 영업이익은 195억원으로 49% 급증했다. 같은 기간 당기순이익은 237억원으로 전년 당기순손실 124억원에서 흑자로 돌아섰다. 수익성 중심의 경영으로 흑자 기조를 유지한 것이다.

일동제약은 2023년 연구개발 자회사 유노비아 출범 등을 기점으로 경영 전반에서 효율화 효과가 나타나고 있다는 분석을 내놨다. 또 올해는 연구개발 회사와의 협력 체제를 극대화해한다는 방침이다.

특히 올해부터는 이재준 신임 대표는 기존 윤웅섭 대표와 일동제약을 함께 이끌게 됐다. 이재준 신임 대표는 유노비아, 아이리드비엠에스 등 일동제약그룹 내 연구개발 전문 계열사에서도 대표 자리를 겸직하며 신약개발 및 사업화 분야에서 핵심 역할을 수행하고 있다.

유노비아의 경우, 대원제약과 칼륨경쟁적위산분비억제제(P-CAB) 계열 소화성궤양치료제 '파도프라잔'을 공동 개발하고 있고, 비만·당뇨를 겨냥한 글루카곤 유사 펩타이드-1(GLP-1) 수용체 작용제 'ID110521156' 등을 확보한 상황이다.

전통 대형 제약사인 유한양행, 종근당 등도 지속 가능한 연구개발 전략을 수립했다.

유한양행은 'NewCo 설립 모델'을 전략적으로 검토하고 있다. 비항암 분야에서 알러지, MASH, 만성신장질환 치료제 등을 핵심 과제로 도출할 계획이며 특정 파이프라인에 최적화된 독립법인을 통해 외부 투자를 유치한다는 복안이다.

종근당은 앞서 지난해 10월 근당은 신약개발 전문 자회사 '아첼라'를 신설했다. 신규 파이프라인 발굴, 임상 진행, 기술수출 및 상용화 등을 맡는다.

한 제약 업계 관계자는 "연구개발 투자는 지속되어야 함과 동시에 그 리스크까지 공존하는 것은 불가피하기 때문에 신약개발과 수익성이라는 두 마리 토끼를 다 잡기 위한 사업 효율성 강화 방안이 중요하다고 볼 수 있다"고 설명했다.