특허권자의 침해주장이 정당할 경우 대응할 수 있는 방법은 6가지 정도가 있다. 첫째, 실시의 중지다. 침해피의자가 자기의 실시가 특허권의 침해라고 판단되면 그 물품에 대해 제조 및 판매나 사용 등을 즉시 중지하고 선의 또는 무과실을 주장하는 것이 현명하다. 둘째, 정당한 권원(실시권 설정 또는 특허권의 양수)의 획득 후 실시. 침해피의자가 그 물건을 계속해서 제조?판매할 필요성이 있다고 판단되면 특허권자와 협의해 전용실시권을 설정받거나, 통상실시권을 허락받아서 실시해야 한다. 또한 특허권자로부터 특허권을 양도받아 그 특허발명을 실시할 수도 있다.

셋째, 통상실시권허여심판 청구가 있다. 침해피의자가 이용·저촉발명을 실시하고 있는 경우에는 통상실시권허여심판의 청구를 고려해 볼 수 있다. 침해피의자는 자기의 실시발명이 특허법 제98조에서 규정한 타인의 특허권 등과 이용·저촉관계가 있을 때에는 제138조의 규정에 의한 통상실시권허여심판에 의한 통상실시권을 허여받은 후 실시할 수 있다. 통상실시권허락을 받고자 하는 자는 통상실시권허여심판의 청구전에 먼저 선원의 특허권자 등과 협의를 해야 하며, 당사자간에 협의가 성립되지 않는 경우에 한해 심판을 청구할 수 있다. 또한 통상실시권을 허여하기 위해서는 그 특허발명이 타인의 특허발명이나 등록실용신안에 비해 상당한 경제적 가치가 있는 중요한 기술상의 진보가 있어야 한다.

또한 심판에 의해 통상실시권을 허여한 자가 그 통상실시권의 허여를 받는 자의 특허발명의 실시를 필요로 하는 경우에 그 통상실시권을 허여받은 자가 실시를 허락하지 않거나 실시의 허락을 받을 수 없는 때에는 통상실시권의 허여를 받아 실시하고자 하는 특허발명의 범위안에서 통상실시권 허여의 심판을 청구할 수 있다. 그리고 통상실시권자는 특허권자 등에 대해 대가를 지급해야 한다(다만, 자기가 책임질 수 없는 사유에 의해 지급할 수 없는 때에는 그 대가를 공탁해야 함). 통상실시권자는 그 대가를 지급하지 않거나 공탁을 하지 않으면 그 특허발명을 실시할 수 없게 된다.

넷째, 화해 또는 중재. 침해피의자는 침해소송이 계속중인 경우에 원고인 특허권자와 화해나 중재 등을 통해 원만한 해결을 하는 것도 좋은 방법이다. 특허권의 침해로 인해 발생된 분쟁 등이 있는 경우에 특허청 산업재산권분쟁조정위원회에 조정신청을 할 수 있다. 여기에서 조정이 성립돼 조정조서가 작성되는 경우에도 재판상 화해와 동일한 효력을 갖는다(발명진흥법 제46조). 조정은 소송에 비해 비용이 저렴하고, 신속하게 처리될 수 있는 이점이 있다. 일도양단적인 분쟁해결이 아니라 당사자의 양보와 합의를 필요로 한다는 점에서 소송과 다른 특성이 있다.

다섯째, 회피설계. 특허권의 침해라고 판단된 경우 회피설계를 고려해 볼 수 있다. 그런데 유의할 점은 회피설계에 필요한 시간, 생산설비의 교체, 연구원의 노력 등에 대한 비용 등과 특허권자로부터 실시권을 허여받을 때 소요되는 비용 등을 비교해 회피설계하는 데 비용이 더 많이 든다고 판단되는 경우에는 실시권을 허여받는 것이 타당하다. 또한 회피설계할 때는 특허발명의 균등범위를 벗어날 수 있도록 주의해야 한다.

끝으로, 대응특허 매입 등을 생각해볼 수 있다. 대응특허를 매입하거나 대응특허를 소유한 회사와 합병하는 것을 고려해 볼 수 있다. 침해피의자는 대응특허를 매입해 특허권자가 생산, 판매하고 있는 제품에 대한 침해를 주장함으로써 침해에 대한 분쟁에서 상호간의 화해를 이끌어 낼 수 있다.